הקיבוץ הרביעי שהוקם בעמק הירדן לאחר דגניה א', קבוצת כנרת ודגניה ב'. המייסדים הם חברי תנועת 'בלאו-וייס' מגרמניה. הגרעין המייסד הוקם בשנת 1919 בכפר מרקנהוף בגרמניה, שם עברו חברי הקבוצה הכשרה חקלאית, ולכן כונו 'קבוצת מרקנהוף'. בשנת 1921 עלו לארץ שבעה מהחברים, ראשוני העלייה החלוצית מגרמניה, והתיישבו כקבוצה חקלאית קטנה בעין גנים. בשנת 1923 עברו 11 חברי הקבוצה לרובע-אל-נסרה בסמוך לעפולה. משנת 1924 נדדה הקבוצה במקומות שונים בעמק הירדן ובשנת 1926 התיישבו בחושות באום ג'וני וכונו 'דגניה ג''. ביולי 1927 התמוטטו החושות ברעידת אדמה וחברי הקבוצה נאלצו להקדים את עלייתם המתוכננת על הקרקע. ב-20 בספטמבר 1927 עברו 34 חברי הקבוצה למקום המיועד ובנובמבר 1927 החלו בבנית הבית הראשון.
בשנת 1928 ניטע מטע הבננות הראשון ובשנת 1930 - הפרדס הראשון. הקיבוץ הצטרף לתנועת 'הקיבוץ הארצי'. בשנת 1934 הצטרפו לקיבוץ קבוצה של 65 מחברי 'קיבוץ ליטא א'' מווילנה, ממייסדי 'השומר הצעיר' בליטא ומראשוני בוגריו. בשנת 1935 הוקמה המאפיה. בשנת 1936 הגיעה לקיבוץ חברת הנוער הראשונה, נוער א' מגרמניה. בשנת 1937 הוקם ענף הצאן. בשנת 1941 הצטרף גרעין השלמה נוסף של 'השומר הצעיר' מווילנה. לגרעין זה, שמנה 80 חברים, היתה השפעה רבה על אופיו של הקיבוץ ותרומה חשובה לחיזוקו. בשנת 1943 הוקם מכון הקירור, נחפרו בריכות הדגים והוקם ענף המדגה. בשנת 1946 הצטרפו לקיבוץ קבוצת 'אשל' ממוסד משמר העמק וקבוצת 'אורן' של נוער מפולין שהגיעה ממשמר העמק.
ב-15 למאי 1948, ביום הכרזת המדינה, הופצץ הקיבוץ מהאוויר על ידי הסורים ונגרמו אבידות בנפש. הילדים ורוב החברות פונו לחיפה עם לתום הקרבות. בשנת 1951 הגיעה לקיבוץ מחלקת הנח"ל הראשונה. בשנת 1952 הוקם מפעל תעשייתי הראשון, 'ספן' לייצור לוחות פורמייקה. בשנת 1963 הוקם מפעל 'ארקל' למוצרי פלסטיק. בשנת 1965 הגיעה לקיבוץ חברת הנוער האחרונה, 'עופרים'.
כיום מתפרנסים חברי הקיבוץ מחקלאות (מטעים, גידולי שדה, מטעים, כרם, רפת), תעשיה ('ארקל מוצרי פלסטיק', 'ארקל מערכות סינון'), תיירות ועסקים קטנים.
בתחילה נקרא היישוב 'כפר גון' כשמו הקדום של המקום. אחרי כן הוחלף השם ל'כפר נתן', על שם נתן לסקי, מנהיג ציוני מאנגליה. לבסוף הוחלף ל'בית זרע'. מקור השם בפסוק מהתלמוד: 'כאן בית-זרע כאן בית-נטע'. הפירוש של הפסוק: זו מידת הקרקע הדרושה לזרע, וזו מידת הקרקע הדרושה לנטע (לשתיל).
