התפקיד הבכיר ביותר בהסתדרות הכללית. המזכ"ל נבחר על ידי הוועד הפועל של ההסתדרות. במקביל בוחרת בו מינהלת חברת העובדים (הזהה בהרכבה לוועד הפועל) ליו"ר חברת העובדים. המזכ"ל מכהן בתפקידו ארבע שנים מישיבת הוועד הפועל הראשונה שלאחר ועידת ההסתדרות ועד לישיבת הוועד הפועל הראשונה של הוועידה הבאה. המזכ"ל פותח את ועידות ההסתדרות, את המועצות, את הישיבות של הוועד הפועל ואת הישיבות של מינהלת חברת העובדים. המזכ"ל מנהל את ישיבות הוועדה המרכזת, מנהל את העבודה המעשית, מנהל את התקציב ומעצב את דרכה של ההסתדרות.

מאז הקמתה של ההסתדרות כיהנו בתפקיד: דוד בן-גוריון (1935-1921); דוד רמז (1944-1935); יוסף שפרינצק (1949-1944); פנחס לבון (1950-1949, 1961-1956); מרדכי נמיר (1956-1950); אהרון בקר (1969-1961); יצחק בן-אהרן (1973-1969); ירוחם משל (1984-1973); ישראל קיסר (1992-1984) חיים הברפלד (1994-1992); חיים רמון (1995-1994); עמיר פרץ (2006-1995); עופר עיני (מ-2006).

במקביל להחלפת שמה של ההסתדרות ל'הסתדרות העובדים הכללית החדשה' ב-1994 הוחלף שמו של התפקיד ל'יו"ר ההסתדרות'.