האגודה הוקמה ב-29 בספטמבר 1907 בחדרו של
יצחק בן-צבי ביפו במטרה לכבוש את השמירה ולחזק את העבודה העברית במושבות. האגודה נקראה על שמו של שמעון בר-גיורא, מראשי המרד הגדול של היהודים ברומאים. עם קבוצת המייסדים נמנו: יצחק בן-צבי,
ישראל שוחט, צבי בקר,
ישראל גלעדי,
אלכסנדר זייד, יחזקאל חנקין יחזקאל ניסנוב. שוחט נבחר למנהיג הארגון. סיסמת הארגון היתה: 'בדם ואש יהודה נפלה, בדם ואש יהודה תקום'.
חברי בר-גיורא עברו לגליל התחתון והתרכזו ב
חוות סג'רה, שם היוו חלק מהקולקטיב שהקימה
מניה וילבושביץ (שוחט). חברי הקבוצה עברו הכשרה חקלאית וניסו לקבל לידם את השמירה בחווה. כעבור כמה חודשים הצליחו לשכנע את מנהל החווה להעביר לידיהם את השמירה בחוות סג'רה. בהמשך נמסרה לידיהם גם השמירה במושבה
סג'רה. בסוף קיץ 1908 פנו אליהם איכרי
כפר תבור וביקשו שישמרו במושבתם. אנשי בר-גיורא הסכימו, אך הציבו תנאי שתונהג במושבה
עבודה עברית. תנאי זה הפך בהמשך לחלק קבוע מהתנאים להנהגת שמירה עברית בישובים נוספים. בעקבות הרחבת הפעילות החליטו חברי בר-גיורא באביב 1909 להפסיק את פעילותם ולהקים ארגון גדול יותר שיפעל בגלוי ושיקבל על עצמו את השמירה בכל המושבות היהודיות. בארגון החדש שהוקם, ארגון '
השומר', המשיכו חברי בר-גיורא, בעיקר ישראל שוחט, למלא תפקיד מרכזי.
