בשנת 1884 הקים יצחק מרדכי לובובסקי בגליל העליון חווה חקלאית פרטית שנקראה 'שושנת הירדן'. לובובסקי התקשה להחזיק לבדו בחווה הנידחת ומכר אותה לקבוצה של בני צפת ועולים מרוסיה אשר בספטמבר 1890 הקימו במקום מושבה בשם 'משמר הירדן'. המתיישבים סבלו מהתנאים הקשים במקום, ממחלת הקדחת ומהתנכלויות השכנים הבדואים וזכו לתמיכה של חובבי ציון. בשנת 1898 עברה המושבה לחסותה של חברת יק"א אשר רכשה אדמות נוספות והביאה למקום מתיישבים נוספים. במלחמת העולם הראשונה נערך בסמוך קרב קשה בין הצבא העות'מאני לצבא הבריטי. המושבה ניזוקה קשות והתושבים נאלצו לעזוב. בשנת 1923 יושבה המושבה מחדש, אך כמעט לא גדלה בשנים הבאות. בשנת 1946 התיישבו במקום חיילים משוחררים מהצבא הבריטי חברי 'ארגון ווג'ווד' שתרמו להרחבתה של המושבה ולפיתוח המשק החקלאי.

לאחר קבלת תוכנית החלוקה באו"ם בנובמבר 1947 ופרוץ מלחמת העצמאות החמיר המצב הביטחוני והיישוב סבל מהתנכלויות קשות. הנשים והילדים פונו מהמקום ולאחר הקמת המדינה במאי 1948 נותרו במקום עשרות מגינים. המושבה הופגזה על ידי הסורים וב-5 ביוני 1948 החלה סדרה של התקפות במטרה לכבוש את המושבה ולתפוס ראש גשר מערבית לירדן. ב-10 ביוני, לאחר ששה ימי לחימה קשים, נכבשה המושבה והמגינים נפלו בשבי והועברו לסוריה למשך 13 חודשים.

בתום המלחמה, ב-20 ביולי 1949, בעקבות חתימת הסכמי שביתת הנשק חזר השטח לשליטה ישראלית. המושבה שנהרסה לחלוטין לא נבנתה מחדש ועל אדמותיה הוקמו בשנת 1949 קיבוץ גדות ומושב העובדים. המושב הוקם על גבעה סמוכה, שכונתה 'משלט ירדה', על ידי חיילים משוחררים שלחמו במקום. חלקם היו תושבי צפת ולכן המושב נקרא בתחילה 'בני צפת'. המושב הוקם במסגרת תנועת משקי חירות-בית"ר.

בשנת 1956 עזבו רוב המייסדים את הישוב ובמקומם הובאו עולים מצפון אפריקה. בשלב זה שינה המושב את שמו ל'משמר הירדן' על שמה של המושבה שנחרבה. בשנות ה-70 עבר המושב משבר. חלק מהתושבים עזבו, במקומם נקלטו משפחות של ילידי הארץ והמושב התאושש. במקום נבנית הרחבה. התושבים מתפרנסים כיום מחקלאות (מטעים ולולים), מתיירות ומעבודות חוץ.