הקיבוץ נוסד על ידי גרעין של בוגרי תנועת 'השומר הצעיר' בישראל. חלקם התחנכו בחברת נוער ישראלית בקיבוץ מעברות וחלקם התחנכו בחברות נוער עולה (מפולין ,צ'כיה ועוד) בקיבוץ גן שמואל. חברי הגרעין עברו הכשרה קצרה בקיבוץ גת, שבמהלכה והשתתפו במלחמת העצמאות. אחרי כן, ב-8 בדצמבר 1949, עלו חמישים חברי הגרעין על הקרקע באדמות דנגור, בסמוך למקום שבו שכן קיבוץ נירים עד מלחמת העצמאות. הקיבוץ נקרא בתחילה 'קיבוץ ארצישראלי ט"ו'. בשנת 1953, לאחר פטירתו של יצחק שדה, הוחלף שם הקיבוץ ל'ניר יצחק'.

בשנתיים הראשונות הגיעו לקיבוץ השלמות: חברת נוער עולה מבולגריה שהתחנכה במשמר העמק,  חברת נוער עולה מרומניה שהתחנכה ברמת השופט ועין השופט וגרעין 'גבולות' מחיפה. לאחר שנתיים החלו להגיע חברי 'גרעין ארגנטינאי ד' שבאו בשלושה מחזורים. לאחר הפסקה ארוכה הגיעו השלמות נוספות של התנועה מישראל: גרעין 'הבשור' (1966) וגרעין 'תגר' (1971). רק בשנת 1973, לאחר קליטת הגרעינים 'אדמית' ו'הראל' (מארגנטינה) והצטרפות הבנים הראשונים שהשתחררו מהצבא, עבר הקיבוץ את מחסום מאה החברים ומאז המשיך לגדול. בקיבוץ התחנכו שלוש חברות נוער (בשנים 1962-1957, 1968-1963, 1989-1983).  מאז שנת 1973 נקלטו בקיבוץ גרעינים של התנועה מישראל, ארגנטינה ואירופה, מצטרפים בודדים ובני קיבוץ לאחר צבא. כיום בקיבוץ כ-350 חברים ומועמדים.

בשנים הראשונות, הקיבוץ לא היה מחובר לרשת המים והחברים התפרנסו מעבודות חוץ בקיבוצים אחרים (נגבה, יד מרדכי, גבולות), מנטיעת עצים עבור קק"ל ועיבוד שדות פלחה באזור קרית גת וכפר מנחם. בסוף שנת 1956, חובר הקיבוץ לרשת המים והחל עיבוד שטחים באזור. נעשו ניסיונות רבים בגידולים שונים, ורק כעבור שנים התייצבה החקלאות על מספר גידולים, המתאימים לתנאי הקרקע והאקלים.  בשל הקירבה לגבול מצרים סבלו המתישבים במשך שנים מפעילות מסתננים ומיקוש שדות.

בשנת 1971 הוקם מפעל  'כימדע' המייצר תרכובות ברום עדינות לתעשיית התרופות. בשנת 1974 הוקם מפעל 'פולישק' המייצר רשתות מסוגים שונים לשימושים חקלאיים. בשנת 1991 עבר הקיבוץ ללינה משפחתית. בשנים 2009-2008 נעשו הפרטות ראשונות. כיום הקיבוץ ממשיך להתנהל כ'קיבוץ שיתופי'.

כיום ענפי המשק העיקריים בקיבוץ הם: תעשיה: (מפעל 'כימדע', מפעל 'פולישק'), היי טק (חברת 'בקסופט'), חקלאות (גידולי שדה, רפת, לול), עסקים קטנים ועבודות חוץ.