קיבוץ ניצנים נוסד בדצמבר 1943 על ידי גרעינים מתנועת 'הנוער הציוני'. בשלהי שנות ה-30 הוקם גרעין 'ניצנים', הגרעין הראשון של נוער עולה שהתחנך בארץ. חברי הגרעין היו מבוגרי חברת נוער עולה מפולין שהתחנכה בבן שמן וחברת נוער עולה מרומניה שהתחנכה במאיר שפיה. בראשיתו מנה הגרעין כששים חברים אשר יצאו לשנה של גיבוש והכשרה בכפר רופין. בשנת 1940 יצא הגרעין לעצמאות בכפר שמריהו. הם שהו שם כשנתיים, עבדו בפרדסים ובגני הירק בסביבה וכן השתתפו בפעילות בטחונית במסגרת ה'הגנה', הפלמ"ח והבריגדה היהודית.

בקיץ 1942 התאחד גרעין 'ניצנים' עם גרעין נוסף של התנועה. גרעין זה שמנה עשרים חברים, התארגן בשנת 1938 בחוות ההכשרה צ'נסטונייב בפולין. בשנת 1939 עלו חברי הגרעין לארץ באניית המעפילים 'אסימי' והקימו מחנה ב'גבעת המעפילים' שבהדר. כעבור חודשים אחדים הצטרף ל'ניצנים' גרעין נוסף, 'משמר הכפר' מהונגריה אשר קיבל הכשרה בקיבוץ אושה.  מאחר יותר, זמן קצר לאחר העליה לקרקע,  הצטרף לניצנים חלק מגרעין 'שורשים', שהורכב מבוגרי 'הנוער הציוני' מתל-אביב ומקווה ישראל. חברי גרעין זה קיבלו הכשרה במשך שנה בתל יצחק, קלטו חברים נוספים מירושלים וממשק הפועלות בפתח תקווה ואחרי כן יצאו לעצמאות בחדרה. עשרים חברי הגרעין התקשו להתפרנס, בשל הפגיעה של מלחמת העולם השניה בענף החקלאות, ולאחר שנה וחצי עברו לקיבוץ שורשים בגליל. אחרי כן הצטרפו חלק מהם לתל יצחק וחלק לניצנים. 

ב-8 בדצמבר 1943 עלו 15 מחברי ניצנים על הקרקע והתישבו באדמות שנרכשו בכפר חממה, בין אשקלון לאשדוד. המתיישבים גרו בתחילה ב'ארמון', בית דו קומתי בלב האדמות, שבסמוך לו היו באר, כרם ופרדס. הנקודה היה מבודדת, מוקפת ישובים ערביים והחברים סבלו מגניבות מהשדות ומחצר הקיבוץ. למרות הקשיים הצליחו המתיישבים להקים במקום ישוב קבע מצליח מבחינה חברתית ומשקית. ב-21 במרץ 1947 סייעו חברי הקיבוץ  ותושבים נוספים מהאזור בהורדת מעפילי האנייה 'שבתאי לוז'ינסקי'  אל חוף ניצנים.

ב-29 מנובמבר 1947, התקבלה באו"ם תוכנית החלוקה, שבה ניקבע כי ניצנים תיכלל בשטחי המדינה הערבית. למחרת פתחו הערבים במערכה נגד הישוב היהודי והחלה מלחמת העצמאות. דרכים נחסמו, אוטובוסים הותקפו וישובים רבים הושמו במצור. מצבו של הישוב הקטן והמבודד בניצנים היה קשה במיוחד. שטחי עיבוד מרוחקים נזנחו, שיווק התוצרת החקלאית נפסק, הנשק הוצא ממקומות המחבוא והוקמו עמדות משקי חול. מדי פעם נפרץ המצור על ידי  משוריינים שהגיעו למשק. ב-21 במרץ 1948 הותקפה שיירה שיצאה מניצנים וארבעה מאנשיה נהרגו. כעבור שלושה שבועות הותקפה ניצנים על ידי תושבי הישובים הערביים בסביבה ולאחר יממה של לחימה נסוגו התוקפים. בסוף אפריל תוגברה הנקודה במחלקה של חטיבת 'גבעתי'.

לאחר הכרזת המדינה, ב-14 במאי 1948, החלה הפלישה המצרית לתחומי ישראל. בליל ה-17-16 במאי פונו הילדים מניצנים אל באר טוביה במסגרת 'מבצע תינוק'. ב-29 במאי חלף הצבא המצרי על פני ניצנים והמשיך צפונה. ב-6 ביוני, לאחר שכוחותיו נבלמו במבואות אשדוד, התפנה הצבא המצרי לטיהור העורף ולכיבוש ניצנים. הקיבוץ נמצא במיקום טופוגרפי נחות ביחס לכוחות המצרים שהקיפו אותו, הנשק היה דל ומועט, ויותר מחצית חיילי 'גבעתי' שהובאו לתיגבור היו טירונים חסרי ניסיון. מנגד ניצבו כוחות צבא סדיר שכללו גדוד רגלים חמוש היטב, משוריינים, טנקים ותותחים. לאחר 15 שעות של קרב קשה ורב נפגעים אזלה התחמושת, המגינים נאלצו להיכנע ונלקחו  בשבי. באותו יום פרסם אבא קובנר, קצין החינוך של חטיבת 'גבעתי', דף קרבי ללוחמים, שבו הוקיע את כניעתם של מגיני ניצנים. לאחר סיום המלחמה בעקבות דרישתם של אנשי ניצנים, הקים הרמטכ"ל ועדת חקירה אשר טיהרה אותם מההאשמות.

ב-28 אוקטובר 1948 במסגרת 'מבצע יואב' שיחררו כוחות צה"ל את קיבוץ ניצנים, ומצאו אותו הרוס לחלוטין. במרץ 1949 חזרו חברי ניצנים השבויים ממצרים. הוחלט לבנות את הקיבוץ מחדש במרחק שני ק"מ דרומית מזרחית לניצנים הישנה. רבים מהחברים לא היו מסוגלים להתחיל מחדש ועזבו. במקומם הצטרפו חברי קיבוץ מבטחים שהוקם בשנת 1947 מול רפיח ונעזב לאחר מלחמת העצמאות. במאי 1949 עברה קבוצה מחברי הקיבוץ לסוראני (בסמוך לניצנים) והחלה בהכשרת מקום ההתישבות החדש. הוכשרה הקרקע,  נבנו בתים הראשונים, מספר צריפים וצריף חדר האוכל. במרץ 1950 החלה המעבר של חברי הקיבוץ לניצנים החדשה. בניצנים הישנה נבנה כפר של עליית הנוער שנקרא 'ניצנים'. בשנת 1989 נסגר כפר הנוער  וב'ארמון' הוקם בית ספר שדה 'שקמים'. אתר ניצנים הישנה הוכרז כאתר לשימור. 'הארמון' עבר בשנים האחרונות תהליך של שיקום ושיפוץ. במתחם קיימות עמדות משוחזרות ממלחמת העצמאות וכן אנדרטאות ללוחמים, בהן אנדרטת 'יד לאישה הלוחמת'.

במהלך השנים הצטרפו לניצנים גרעינים של 'הנוער הציוני' מישראל ומדרום אמריקה, בעיקר מארגנטינה. בשנת 1955 נבנה בקיבוץ בית ספר משותף לבני הקיבוצים והמושבים באזור. בשנת 1966 נחנך בית ההנצחה לזכר חללי הקרב על ניצנים. המבנה תוכנן על ידי האדריכל נחום זולוטוב, שאחיו בצלאל נפל בקרב. ליד בית ההנצחה ניטעו 33 עצי ברוש כמספר הנופלים בקרב. באותה שנה נבנה חדר האוכל החדש של הקיבוץ שהחליף את הצריף הישן. בשנת 1969 נרכש מפעל 'פלטכניקה' לריהוט משרדי. בשנת 1982 עבר הקיבוץ ללינה משפחתית. בשנת 2000 החלו תהליכים של הפרטה ושינוי אורחות החיים. בשנת 2004 הופעל בניצנים מודל 'רשת ביטחון'. בשנת 2008 התחדשה קליטת בני משק לקיבוץ.  

כיום ענפי המשק העיקריים הם:  תעשיה (מפעל 'פלטכניקה' לכיסאות וריהוט משרדי), תעשיה (רפת, פרדס, גידולי שדה, בית אריזה), שירותים (חדר אוכל, מוסך, בריכה, שירותי מיחשוב ועוד).