בפברואר 1925 הוקם קיבוץ השומר הצעיר ג' על ידי שישה מבוגרי 'השומר הצעיר' ברומניה אשר עלו לארץ ישראל. בתחילה ישבו חברי הקיבוץ בתוך מחנה קיבוץ השומר הצעיר ב' בנהלל וקיבלו שם הכשרה. אחרי כן נדדו יחד עם חברי קיבוץ ב' למחנה האוהלים של הקיבוצים בעפולה. בשנת 1926 עלה קיבוץ ב' על הקרקע והקים את קיבוץ משמר העמק ואילו קיבוץ ג' יצא לדרך עצמאית. עם הצטרפותם של חלוצים נוספים מרומניה עבר הקיבוץ למחנה בג'ידרו. באביב 1927 עבר הקיבוץ, שמנתה כבר כשלושים איש, לשכונת בת גלים בחיפה. במשך חמש שנים שכן שם הקיבוץ במחנה של צריפים ואוהלים והמתין לעליה על הקרקע. במהלך השנים התפרנסו החברים והחברות מעבודות חציבה, בניין, סלילת כבישים, ייבוש ביצות, סבלות בנמל חיפה ומשק בית. בשנת 1927 נמנה קיבוץ ג' עם ארבעת קיבוצי 'השומר הצעיר' אשר הקימו את תנועת 'הקיבוץ הארצי-השומר הצעיר'.
בשנים 1929 הצטרפו לקבוצה חברים נוספים מיוצאי התנועה בבולגריה והונגריה. בשנת 1930 הצטרף גרעין בולגרי ממשמר העמק. בשנת 1930 עם הקמת מפא"י החליט קיבוץ ג' להצטרף למפלגה החדשה ולאחר מכן לתנועת 'הקיבוץ המאוחד'. חלק מהחברים התנגד לכך והקיבוץ התפלג. אנשי מפא"י נשארו במחנה והקימו בהמשך את קיבוץ גבעת חיים. הפלג הפורש, שמנה קרוב למחצית החברים, עבר למחנה אחר והקים בהמשך את קיבוץ מעברות. בשנת 1931 עברו חברי הקיבוץ לחדרה ועבדו בפרדסי האזור.
ב-25 בספטמבר 1933 עלתה קבוצת חלוץ מחברי הקיבוץ על הקרקע בעמק חפר, בלב אזור ביצות נגוע קדחת. הם הקימו צריפים, בנו גדר והחלו לפתח את המשק. שאר החברים המשיכו לגור ולעבוד בחדרה ועברו בהדרגה לנקודה החדשה. בשנת 1935 הוחלט לקרוא לקיבוץ 'מעברות', בשל קירבתו לגשר על נחל אלכסנדר, שהיה באותה תקופה המעבר היחיד מעל הנחל שחיבר את צפון הארץ לדרומה. בשנים 1935-1935 נבנה מבנה הקבע הראשון, 'בית הקומונה', ששימש כבית ילדים ובמרתפו שכן חדר האוכל הראשון של הקיבוץ. בשנת 1936 השתרע הקיבוץ על כ-450 דונם ומנה כ-170 נפש. חברי הקיבוץ התפרנסו בעיקר מענפי הפלחה, הרפת והלול.
בתקופת מאורעות 1939-1936 הוצתו שדות ויבולים של הקיבוץ והיו עימותים עם הבדואים שגרו בסמוך. בשנת 1939 נקלטה חברת נוער שהגיעה מגרמניה במסגרת עליית הנוער. באותה שנה החלו הפרדסים להניב פירות. במהלך מלחמת העולם השניה גדל שטחו של הקיבוץ ל-1000 דונם בבעלות ו-1200 דונם בחכירה. בשנת 1944 נחנך חדר האוכל. בשנת 1945 הוקם המוסד החינוכי התיכוני 'רמות חפר' המשותף לילדי מעברות והקיבוצים השכנים. בשלהי 1945 מנה הקיבוץ כ-260 נפש, בהם 33 ילדים שחולצו מיוגוסלביה. בתקופה שלפני הקמת הקמת המדינה היה במעברות בסיס של הפלי"ם. בשנת 1949 הצטרף לקיבוץ גרעין מצ'ילה.
בתחילה התבסס המשק על ענפים חקלאיים: גן ירק, לול, צאן, רפת, מטעי נשירים ובננות, כרם. בהמשך נוספו ענפי הכותנה, מטעים סובטרופיים, אננס ומדגה. בשנת 1962 הוקם המפעל הראשון, 'מינימוטור' לשעונים ותנורים חשמליים. בשנת 1963 הוקם מפעל לתחליפי חלב לעגלים. בשנת 1967 הוקם מפעל 'תרימה' לתרופות הומניות.
במהלך השנים התפתח המפעל לתחליפי חלב והיה לשותפת עם חברת 'טבע' בשם 'אסיא מעברות' למוצרים וטרינריים. בשנות ה-70 החל המפעל ליצר מזון לחיות מחמד. בשנת 1981 נוסד מפעל 'מעבדות מטרנה' ליצור תחליפי חלב לתינוקות ואבקות חלב. בשנת 1999 נעשו שינויים ארגוניים והפעילויות פוצלו לחברות בנות באחזקה מלאה של חברת האם '
מוצרי מעברות'. בשנות האלפיים הרחיבה 'מוצרי מעברות' את פעילותה באמצעות רכישת חברות ליצור ושיווק תוספי תזונה ומזון אורגני. כיום כוללת חברת 'מוצרי מעברות' את חברות הבת הבאות: 'מעבדות מטרנה', 'ביופט', 'טעם טבע אלטמן', 'אדמה', 'גלובל ביופט', 'חלבית', 'אנליט'.
כיום ענפי המשק העיקריים בקיבוץ הם: תעשיה (חברת 'מוצרי מעברות' ליצור מזון ותוספי תזונה לבני אדם ולבעלי חיים, מפעל 'תרימה' לתרופות הומניות), חקלאות (גידולי שדה, מטעים סובטרופיים, רפת, גידול דגים סובטרופיים), עסקים קטנים. קיבוץ מעברות לא עבר תהליכים משמעותיים של הפרטה והוא ממשיך להתנהל כקיבוץ שיתופי.
