נוסד על ידי חברי 'ארגון א' (או 'נהלל ב'), שעלו ברובם מרוסיה, אוקראינה ובלרוסיה בתקופת העליה השלישית. מבין עולי העליה השלישית היה זה הארגון הראשון שעלה להתישבות מושבית. חברי ארגון א' השתייכו בארץ למפלגת 'הפועל הצעיר' ואת הכשרתם  קיבלו ביבנאל, בנהלל, בעין חרוד, במקווה ישראל בתל יוסף, בכנרת ובדגניה. הקבוצה התארגנה להתיישבות בנהלל ועלתה על הקרקע ב-12 באוגוסט 1927 בתל א-שמאם הסמוך לנהלל. המושב תוכנן על ידי האדריכל ריכרד קאופמן, מהמתכננים הבולטים באותה תקופה ודבר זה ניכר בתוכניתו המעגלית של הישוב, המאפשרת ריכוז של מבני הציבור במרכז וחלוקה שווה של הנחלות. כפר יהושע נבנה בצורה האות יו"ד כמחווה ליהושע חנקין שעל שמו נקרא הישוב. בשנות ה-30 הצטרפו לכפר יהושע משפחות נוספות מעולי גרמניה.

כפר יהושע היה מושב עובדים בעל אופי שונה מקודמיו. המייסדים היו צעירים, רווקים ובני העליה השלישית, ולכן החיים במושב היו ברוח סוציאליסטית-מהפכנית יותר מאשר במושבי העובדים שהוקמו לפניו. המייסדים ראו בשיוויון ערך עליון, אפילו על חשבון חופש הפרט. רמת השיתוף הבסיסית היתה גבוהה יותר מאשר במושבי העליה השניה. המייסדים ניסו ליצור צורת יישוב שמשלבת מושב וקיבוץ. הם פיתחו שיטת אשראי מיוחדת: בראש המושב עמדה ועדה כלכלית שניהלה את הפעילות הכלכלית של המושב. כל ההכנסות של חברי המושב רוכזו בידיה והיא היתה אחראית על ההוצאות. הוועדה שסיפקה לכל חבר את הנחוץ למשפחתו ולמשק שלו באופן שוויוני ללא קשר להכנסותיו. למשקים החלשים ניתן אשראי גדול יותר כדי לסייע להם להתפתח. הוועדה החליטה גם על ההשקעות הנחוצות.

שנים רבות נחשב כפר יהושע לאחד המושבים האידאולוגיים, מבחינת שמירה על עקרונות המושב: העבודה העצמית, העזרה ההדדית והקנייה והמכירה המשותפות. בשנת 1998 פקד את המושב משבר ארגוני, שבעקבותיו פורקה האגודה השיתופית, השיווק המאורגן והערבות ההדדית. כיום כל משק מתנהל באופן עצמאי מול המוסדות החיצוניים. 

בכפר 90 נחלות חקלאיות, רובן פעילות. ענפי החקלאות העיקריים הם: גדול בקר לבשר, רפת חלב, גדול צאן, מכוורת, לולים, מטעים, ירקות וגידולים אורגניים. בכפר יש מכון תערובת אזורי בבעלות האגודה החקלאית. נבנתה הרחבה לבנים הכוללת 65 יחידות דיור. מתוכננת הרחבה נוספת של כשלושים יחידות.

המושב נקרא על שמו של יהושע חנקין, גואל אדמות עמק יזרעאל. במקום נמצא 'בית חנקין', מוזיאון לטבע ולידיעת הארץ ובו גם פינת הנצחה ליהושע חנקין. במרכז הישוב שדרה לזכרו של מתכנן הישוב ריכרד קאופמן ובה פסיפס שתכנן האמן אלי שמיר. בפסיפס משולבים דיוקנו של קאופמן, רשימת הישובים שתכנן בארץ ומפת כפר יהושע.

מדרום למושב נמצאת תחנת תל א-שמאם של 'רכבת העמק' שנסעה מחיפה לצמח. בשנת 2005 שוחזרה התחנה על ידי המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל ובמקום נפתח מוזיאון 'רכבת העמק'.