בשנת 1924, בניגוד לעמדתם של מנהיגי היהדות החרדית באירופה ומנהיגי תנועת החסידות, התארגנה בפולין קבוצת חסידים להקמת יישוב חקלאי דתי בארץ ישראל. מקום מרכזי בהתארגנות זו היה לרב ישעיהו שפירא ('האדמו"ר החלוץ'), שבשנת 1914 עלה לארץ ישראל, פגש את הרב קוק והושפע ממנו במידה רבה. בשל נתינותו הרוסית הוא גורש על ידי התורכים בחזרה לפולין ושם הטיף בקרב החסידים לעליה לארץ ישראל. בעידודו הוקמו שלוש קבוצות חסידיות להתישבות בארץ ישראל. שתיים מהן, קבוצה האחת בהנהגת רבי ישראל אליעזר הופשטיין האדמו"ר מקוז'ניץ והשניה בהנהגת רבי יחזקאל טאוב האדמו"ר מיבלונה הקימו בהמשך את כפר חסידים.

בשנת 1924 עלו  כשמונים משפחות משתי הקבוצות לארץ ישראל. הם רכשו קרקעות כשהמימון מתחלק ביניהם לבין קק"ל. במרץ 1925 עלו שתי קבוצות החסידים על הקרקע והקימו שני מושבים סמוכים: 'עבודת ישראל' לחסידי קוז'ניץ ו'נחלת יעקב' לחסידי יבלונה. המתישבים ניסו לפתח משק חי ומשק חקלאי אולם התקשו בכך בשל חוסר הנסיון שלהם בעבודה חקלאית, אדמות הביצה שרכשו ושלא התאימו לחקלאות ומחלת הקדחת שהפילה בהם חללים רבים. המוסדות הלאומיים לא סייעו, הכספים מפולין הפסיקו להגיע וההון העצמי הלך ואזל. בעקבות פניתו של הרבי מיבלונה ואישים נוספים החלה קק"ל לסייע למתישבים באמצעות שליחת מדריכים חקלאיים, פריעת החובות על רכישת הקרקע ויבוש הביצות. כמו כן החלה קרן היסוד להעביר קיצבה למתישבים שהוכיחו יכולת לנהל משק. בשנת 1926 הוחלט בקק"ל לאחד את שני המושבים במסגרת מושב אחד בשם 'כפר חסידים' וכן לצרף אליו קבוצה של חברי 'הפועל המזרחי', ששהו קודם לכן בכפר אוריה וחברי שתי הכשרות מפתח תקווה.

מאז היווסדו ועד קום המדינה התפתח כפר חסידים באיטיות. בשנת 1950 הקימו חלק מצעירי הישוב בסמוך את כפר חסידים ב', ישוב קהילתי  לא חקלאי. בשנות ה-60 וה-70, החלה התבססות כלכלית בכפר חסידים א', בעיקר בזכות הוספת גידולי תעשיה וחפירת מאגר מים. בשנת 2000, במלאת 75 שנים לכפר חסידים, התמזגו כפר חסידים א' וכפר חסידים ב' לישוב אחד . 

תושבי הכפר מתפרנסים כיום מחקלאות ומעבודות מחוץ לישוב. במהלך השנים התחלפה האוכלוסיה, וכיום תושבי הכפר הם בעיקר דתיים לאומיים וחילונים. בשל השינוי בצביון הרוחני , עזבו רוב משפחות החסידים שבכפר לבני ברק ולירושלים. שאר החסידים הראשונים בכפר נפטרו במהלך השנים.