מייסדי הקיבוץ השתיכו לשלושה גרעינים של 'השומר הצעיר': גרעין מבן שמן שהוקם בשנת 1941, גרעין מדרום אפריקה שהוקם בשנת 1942 וגרעין מחיפה שהתארגן בשנת 1943. שני גרעינים קיבלו הכשרה במזרע ובעין השופט והשלישי התארגן בחיפה. קבוצה מניצולי האנייה 'פטריה' הצטרפה גם היא למייסדים. בשנת 1944 הקימו חברי הקבוצות במחנה מצפה ים צפונית לנתניה את 'קיבוץ אילת'. חברי הקיבוץ רצו להתיישב באילת, אולם בסופו של דבר נשלחו להתיישב בנגב.

במוצאי יום הכיפורים תש"ז (1946) עלה הקיבוץ על הקרקע במסגרת התיישבות 11 הנקודות בנגב. קבוצת חלוץ יצאה מקיבוץ רוחמה והתיישבה באדמות ביר זבאללה. אחרי כן החזיקה פלוגה מצומצמת בנקודה בנגב, בעוד רוב החברים והחברות עם הילדים נשארו בנתניה והמשיכו לפתח את המשק. בשנת 1947 הצטרף לקיבוץ גרעין מניצולי בוכנוואלד שקיבל הכשרה בקיבוץ מסילות.

בתקופת מלחמת העצמאות היה בקיבוץ בסיס של 'שועלי שמשון', הסיירת של חטיבת הנגב של הפלמ"ח. בתום המלחמה, ביולי 1949, הושלמה העברת הקיבוץ מנתניה לנגב.

במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ גרעינים של בוגרי חברות נוער מישראל, מהונגריה ומרומניה, עולים מסוריה, חברות נוער מבן שמן ומשובל ועשרה ממייסדי קיבוץ הראל. הקיבוץ קיבל השלמה של חברי התנועה מהארץ.

בשנים האחרונות עובר הקיבוץ תהליכי שינוי והתקבלה החלטה לעבור מהמודל השיתופי למודל 'רשת הביטחון'.

מקור השם שובל הוא בתנ"ך: 'ובני שעיר לוטן ושובל וצבעון וענה ודישון ואצר ודישן' (דברי הימים א', ל"ח) וגם: ' בני יהודה: פרץ חצרון וכרמי וחור ושובל' (דברי הימים ד', א'). הקיבוץ נקרא על שם העיר סובילה, המופיעה במפת מידבא, המזוהה עם ח'רבת א-זובילה שבמקום.