בחורף 1942 התכנסו בגן שמואל חברי השכבה הארצית הבוגרת של תנועת 'השומר הצעיר', שכונתה 'גדוד ניר'. השכבה כללה תלמידי תיכון בשביעית ובשמינית ובני גילם שכבר עבדו כשכירים. באותה תקופה התקרבו צבאות רומל לאל-עלמיין והתעורר חשש לגורל הישוב בארץ. חברי השכבה החליטו להצטרף לפלמ"ח כהכשרה המגוייסת הראשונה של תנועת 'השומר הצעיר'.

במרס 1943 החלו להתרכז בכפר מנחם חברי השכבה שאינם לומדים. בתום שנת הלימודים הצטרפו אליהם בוגרי השמיניות. השורות התמלאו בחברים מקיני תל-אביב, ירושלים, חיפה, כפר סבא, כפר מל"ל, קריית חיים, ביניהם גם בוגרי בתי ספר לחקלאות 'כדורי' ו'מקווה ישראל'. באוקטובר 1943 התגייסו כולם כמחלקה לפלוגה ו' של הפלמ"ח. במהלך הפרק הצבאי של שירותם הם שהו שנה בשער העמקים ושנה בניר דוד, קיבלו הכשרה צבאית והשתתפו במבצעים שונים של הפלמ"ח, ביניהם שיחרור מעפילים ממחנה עתלית. בספטמבר 1945 סיימו חברי הכשרת שער העמקים-ניר דוד את שירותם בפלמ"ח ונישארו לשנת הכשרה נוספת בניר דוד. 

ביוני 1946 הצטרפה לגרעין השלמה של בוגרי חברת נוער ממסילות, רובם יוצאי בולגריה. ב-28 ליוני 1946 יצא הגרעין לעצמאות והקים את קיבוץ נירים, שהתיישב בתחילה בבאר יעקב ואחרי כן עבר לראשון לציון. קבוצה מחברי הקיבוץ ירדה לנגב כדי לאייש חודשים אחדים את מצפה גבולות. קבוצה אחרת נשארה לעבוד בתל אביב ובנחלת יצחק בעבודות חוץ שונות. במהלך תקופה זאת נקלטו בגרעין שתי השלמות של ניצולי שואה מרומניה והונגריה.

במוצאי יום הכיפורים תש"ז (ליל ה-6-5 באוקטובר 1946) במסגרת התיישבות 11 הנקודות בנגב עלו חברי נירים על הקרקע והתיישבו באדמות דנגור מול רפיח. שיירה עמוסה של כעשרים וחמש משאיות, אשר יצאה מגבולות והובילה את המתיישבים והציוד אל היעד, שקעה בחולות במרחק קילומטר מהאתר המיועד, ולכן הוקם הישוב באותה נקודה. רק בתחילת 1947 עבר הקיבוץ למקום שנועד לו מלכתחילה בראש גבעה. חלק מחברי נירים איישו את הנקודה בנגב ואילו השאר נשארו במחנה בראשון לציון.

ב-15 במאי 1948, יום לאחר הכרזת המדינה, פלש הצבא המצרי לארץ ישראל וכבר באותו יום הותקף קיבוץ נירים. במקום שהו באותה עת 39 מגינים המצויידים בנשק קל בלבד. בחצר נירים היה בית ביטחון מבטון ושאר המבנים היו מעץ ומפח. בימים שלפני המתקפה המצרית בוצרה הנקודה והוקמו עמדות, תעלות ומקלטים. הכוחות התוקפים, שהסתייעו בכוחות אוויר וארטילריה, כללו ארבעה טנקים קלים, משוריינים, זחליליות נושאות ברן, מחלקת מרגמות, מחלקת מקלעים כבדים וגדוד חיל רגלים שמנה מאות לוחמים. ההתקפה על הקיבוץ החלה ב-07:00 בהפצצה מן האוויר ובהפגזה כבדה של תותחים ומרגמות, אשר גרמו לאבידות ולנזק רב. אחרי כן, בחיפוי ירי מרגמות, הסתערו כוחות רגלים וזחלילים אל הגדרות. המגינים ירו על התוקפים עם הגיעם סמוך לגדר, והצליחו לבלום את המתקפה. בצהרים אספו המצרים את כוחותיהם ונסוגו לכיוון רפיח. במהלך היום נהרגו שמונה מחברי נירים, ששה נפצעו ופרט לבית הביטחון נהרסו כל המבנים. מחדר האוכל נשאר קיר ועליו סיסמה שנתלתה בחגיגות 1 במאי והייתה מאז לסמל: 'לא הטנק ינצח כי אם האדם'.

בששת חודשים הבאים המשיכו המצרים להטריד את נירים מדי פעם באש תותחים, אך לא התקיפו ישירות. הקיבוץ היה למוצב צבאי שהחיים בו התנהלו מתחת לפני האדמה. העמדות חוזקו, חוברו להן מקלטים מחוזקים ששימשו למגורים, וכן הוקמו מתחת לאדמה חדר אוכל ומחסן בגדים. 

לאחר המלחמה עבר הקיבוץ קילומטרים אחדים צפונה והוקם מחדש במקומו הנוכחי. תוך התמודדות עם הקשיים במקום: הדרכים המשובשות, בעיות הביטחון והמחסור במים - נבנו בתי מגורים, מבני ציבור והחל פיתוח המשק החקלאי. עם העברתו של המחנה מראשון לציון  אל הנגב, התרכז הקיבוץ לראשונה בתולדותיו במקום אחד, והחברים החלו בבניית חיים משותפים במקום של קבע. 

בשנות החמישים המוקדמות נקלטו בנירים חברי גרעין 'ארזים' בוגרי חברת נוער מכפר מסריק וגרעין מאוסטרליה. בסוף 1952, בעקבות פרישת אנשי משה סנה ממפ"ם, נאלצה קבוצת חברים מתומכי סנה, רובם חברים מרכזיים בקיבוץ, לעזוב את נירים. במהלך שנים  אלה נמשכה התפתחות ענפי החקלאות, תוך התמודדות עם פעילות מסתננים מרצועת עזה. ב-30 במאי 1955 הפגיזו המצרים במפתיע את נירים, אחד החברים נהרג ואחרים נפצעו. לאחר מלחמת סיני חלה רגיעה במצב הבטחוני. בקיבוץ נקלט גרעין 'נירים' של חניכי 'השומר הצעיר' מקיני פתח תקווה, חיפה, קריית חיים ונווה שאנן. בתקופה זאת שבר הקיבוץ את מחסום מאה החברים.

בשנת 1965 הגיע לנירים גרעין 'תדהר', של חניכי 'השומר הצעיר' מקיני תל אביב, נווה שאנן, פתח תקווה, רחובות וגבעת שמואל.  גרעין זה  ביחד עם חברת הנוער 'צאלה' שיפרו את המצב הדמוגרפי בנירים לאחר עשר שנים ללא השלמה. לאחר מלחמת ששת הימים נמחק קו הגבול הישן והתחדשו פעולות החבלה מרצועת עזה ובעיות הביטחון. הוקמה גדר על הקו הירוק ההיסטורי, דופנו הטרקטורים והקומנדקרים והדרכים נבדקו מדי יום.

בשנות השבעים עד תחילת שנות השמונים נקלטו גרעינים בנירים ישראלים תנועתיים ולא תנועתיים: 'חציל' (1972), 'שבלול' (1973), 'שממית' (1976), 'קיווית' (1978). כמו כן נקלטו שני גרעינים מאמריקה הלטינית שהורכבו מחניכי 'השומר הצעיר' מוונצואלה, חניכי 'מכבי הצעיר' מארגנטינה וחניכים מאורגוואי: אמל"ט (1976) ו'יחד' (1983).

בשנות השמונים המאוחרות נקלע הקיבוץ למשבר כלכלי ולירידה דמוגרפית. בשנות התשעים חל שיפור במצב הכלכלי. מהפיכת המיכון בחקלאות והשגת מקורות מים נוספים (הקמת המאגר, המאגרון, הנקזים, ניצול בריכת החמצון, פתיחת קו השפד"ן) איפשרו הרחבה ניכרת של שטחי השלחין והפלחה. הקיבוץ נכנס לשותפות עם קיבוץ ניר עוז במפעל 'ניר-לט'. חברי קיבוץ יצאו לעבודות חוץ והוקמו מיזמים חדשים כגון: אופנת 'נירית', מעבדת המחשבים, חממות הפרחים, הסטודיו לעיצוב גראפי 'עיצובניק', מטווח הירי ועוד.  במקביל השתפר המצב הדמוגרפי עם הצטרפותם של  בני קיבוץ ובנות קיבוץ, גרעינים ישראלים תנועתיים חדשים ('ניר' - 1990, 'פסיפס' - 1994), בוגרי חברת הנוער 'צבר', עולים חדשים, בודדים ומשפחות מישראל. ילדי הקיבוץ עברו ללינה משפחתית וניכרה תנופה של בניה חדשה.

כיום מונה קיבוץ נירים קרוב ל-200 חברים ולמעלה מ-100 צעירים (בנים ונקלטים) במסלולי קליטה ולימודים. הקיבוץ ממשיך להתנהל כ'קיבוץ שיתופי'. ענפי המשק העיקריים הם: חקלאות (גידולי שדה, מטע אבוקדו, חממות פרחים, רפת, לול), תעשיה (מפעל 'ניר- לט' לצבעים וחומרי איטום), שירותים (פאב, מטווח, משרד לעיצוב גראפי), עסקים קטנים ועבודות חוץ.