הוקם כקיבוץ על ידי חברי גרעין 'נבטים', קבוצה של עולים מעיראק אנשי תנועת 'החלוץ'. חברי הגרעין קיבלו הכשרה בבית השיטה ובגינוסר ובספטמבר 1944 התישבו באופן זמני ליד נהלל. בשנת 1946 מנתה הקבוצה כשלושים חברים, בהם שתי משפחות, והחזיקה משק עזר קטן שכלל לול, מעט פרות וסוסים, וגדול חיטה וירקות.

הישוב הוקם במוצאי יום הכיפורים תש"ז (ליל ה-6-5 באוקטובר 1946) במסגרת התיישבות 11 הנקודות בנגב. המתיישבים יצאו מבית אשל והתיישבו באדמות מדסוס. במלחמת העצמאות היה היישוב במצור והותקף פעמים אחדות. המגינים החזיקו מעמד בזכות אספקה שהוצנחה מהאוויר. אחרי המלחמה התפרק הקיבוץ והחברים התפזרו. במאי 1949 הקימה קבוצת עולים ממזרח אירופה בסמוך את מושב העובדים נבטים. המתיישבים החדשים לא החזיקו מעמד והמקום ננטש.

בשנת 1954 הובאו למושב עולים מקוצ'ין שבהודו אשר הצליחו להיאחז במקום. במושב נבנה מוזיאון לתולדות העדה הקוצ'ינית ובסמוך לו בית כנסת שהוא העתק מדויק של בית כנסת מקוצ'ין. ממזרח ליישוב ניצב בית הביטחון של נבטים הישנה. בעבר התפרנסו תושבי המושב מחקלאות והתמחו בגידול פרחים ובמטעי נשירים. כיום כמחצית התושבים עוסקים בחקלאות (חממות ולולים). רבים עברו לעסוק בתיירות, במקצועות חופשים ובעבודות חוץ.