מייסדי הקיבוץ הם קבוצה מחברי 'הנוער הבורוכובי', תנועת הנוער שהשתייכה למפלגת
פועלי ציון שמאל. בשנות הארבעים הקימו חברי הקבוצה גרעין להתיישבות בשם 'מצודת בורוכוב' אשר ישב כפלוגת עבודה ליד
כפר סבא. בתקופת שהותו במושבה קלט הגרעין חברים נוספים, ניצולי שואה מהתנועה מצרפת, בלגיה
ופולין. בשנת 1946 התקבל קיבוץ 'מצודת בורוכוב' לתנועת '
הקיבוץ המאוחד'. במוצאי יום הכיפורים תש"ז (ה-6 ביוני 1946) עלו חברי 'מצודת בורוכוב' להתישבות בנגב הצפוני במסגרת
התישבות 11 הנקודות בנגב.
עם העליה לקרקע הצטרפו אליהם חלק מחברי הכשרת 'חיות הערבה' (בית הערבה, הכשרת חפציבה)
של תנועת 'המחנות העולים'. הכשרה זו כללה 73 חברים והורכבה מבוגרי התנועה בערים ו-27 בוגרי הכשרה צעירה במעוז חיים. באוגוסט 1944 התגייסו חברי ההכשרה לפלמ"ח וקיבלו הכשרה במעוז חיים ובדפנה. במהלך הפרק הצבאי בשירותם הם שהו בבית הערבה (שנה ראשונה) ובחפציבה (שנה שניה). בתקופת שהותם בחפציבה נטלו חלק במאבק בבריטים: בפיצוץ מסילות הברזל ב'ליל הרכבות', בהכנת 'תיקי כפרים'
ואיסוף חומר מודיעיני על מתקנים בריטים, בהורדת מעפילים ועוד. בספטמבר 1946 השתחררו חברי ההכשרה מהשירות בפלמ"ח. בעקבות הפילוג בתנועת 'המחנות העולים' התפלגה ההכשרה ו-15 מהחברים התאחדו עם קיבוץ 'מצודת בורכוב' בכפר סבא.
ב-6 ביוני 1946 יצאו חברי 'מצודת בורוכוב' יחד עם חברי הכשרת 'חיות הערבה' מקיבוץ רוחמה והתישבו באדמות ביר מנסור. בתחילה נקראה הנקודה 'מצודת בורוכוב', מאוחר יותר שונה השם ל'משמר הנגב'. לאחר הקמת הנקודה נשארו במקום חברים מעטים אשר עסקו בהחזקת הנקודה, בחרישת האדמות ו בהנחת קו המים לנגב. שאר החברים עבדו לפרנסת הקיבוץ בגבעת ברנר ובמפעל המלח
בסדום.
באוקטובר 1947 הצטרפו לקיבוץ כהשלמה חברי הכשרת תל יוסף - 'הדוויזיה המוטסת' של 'הנוער העובד'. ההכשרה מנתה ששים חברים והורכבה משתי חברות נוער ארצישראלי מתל חי ומכפר גלעדי, וקבוצת 'עומרים' מסניף התנועה בחדרה. חבריה קיבלו הכשרה בכפר-גלעדי (מ-1943) ובתל-חי (מ-1944), התגייסו לפלמ"ח בפברואר 1946 ושהו בעת שירותם הצבאי בתל יוסף. בקיץ 1946 הצטרפו אליהם, במטרה לחזק את ההכשרה לאחר גל של עזיבות, בוגרי סניף התנועה
בהרצליה ובנות ממשק הפועלות בשכונת בורוכוב, שהתארגנו בנען. ביחד מנו 73 חברים. בתקופת המאבק, השתתפו חברי ההכשרה בהנחת מטעני נפץ על מסילות הברזל בעמק
יזרעאל ובמארבים ופעולות חבלה נגד הבריטים. במסגרת אירועי 'השבת השחורה'
נעצרו חברי ההכשרה ונשלחו למחנה מעצר. לאחר שחרורם מהשירות באוקטובר 1947 הצטרפו כהשלמה למשמר הנגב.
עם פרוץ מלחמת העצמאות גויסו חברי הקיבוץ לחטיבת הנגב בפלמ"ח והשתתפו
בפעולות המבצעיות בחזית הנגב. בעצם ימי המצור הצטרפה לקיבוץ קבוצה מחניכי התנועה בארגנטינה. הקיבוץ שימש בסיס לכוחות צה"ל שיצאו לכבוש את באר שבע.
לאחר המלחמה החל גידול מואץ של הקיבוץ והמשק. לקיבוץ הצטרפו חברי תנועה מרחבי העולם (בלגיה, צרפת, אמריקה הלטינית, וצפון אפריקה) וחברות נוער. בקיבוץ נבנה בית ספר שבו למדו ילדי הקיבוץ, חניכי חברות הנוער וילדי חוץ. הישוב תוכנן על ידי האדריכל שמואל ביקלס אשר תכנן גם את בית התרבות 'בית בורוכוב' (1957) ואת המועדון לחבר (1966). המשק התבסס אך ורק על חקלאות תוך התמודדות עם תנאי הסביבה והאקלים הקשיים.
באמצע שנות ה-60 נוסד המפעל התעשייתי הראשון ('פוליביד') ומאוחר יותר מפעל לאלקטרוניקה ('פאמא'). במהלך השנים חלו שינויים בענפי החקלאות וכיום הם מתמקדים בגידולים בקנה מידה גדול. במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ גרעיני נח"ל, משפחות צעירות, עולים מחבר המדינות והורי חברים.
באמצע שנות התשעים החלו תהליכים של הפרטה ושינויים באורחות החיים. מהותי באורחות החיים השיתופיים. התעשיה מהווה את מקור ההכנסה העיקרי, בצד ענפי החקלאות המתייעלים על ידי איחודם עם בית קמה השכנה (גידולי שדה ורפת). בשנת 2004 עבר הקיבוץ להפרטה. במקום נבנית שכונת הרחבה וכן שכונת בנים בתוך היישוב.
כיום ענפי המשק העיקריים הם: חקלאות (גידולי שדה, לול, רפת), תעשייה (מפעל 'פוליביד' למוצרי פוליסטרן מוקצף , מפעל 'פאמא' ליצור מערכות ומכשירים אלקטרוניים, 'נגב אקולוגיה חברה למיחזור), שירותים ופנאי (מרכז אירועים, בריכה, אולם ספורט, מטווח, תחנת דלק) פסולת ועסקים קטנים.
