הקיבוץ נוסד על ידי בוגרים של תנועת 'השומר הצעיר' בפולין. בשנת 1933 הגיעו לארץ ראשוני גרעין 'ווליניה ב' והקימו את קבוצת 'גבעת גנים' ליד נחלת יהודה. אחרי כן הצטרפו אליהם קבוצת 'נתיב אל על,' שחבריה החלו לעלות לארץ בשנת 1933 והתרכזו בכרכור, והקבוצה הפולנית בגרעין 'שמיר' שישב במחנה ליד רמת יוחנן ושהקים מאוחר יותר את קיבוץ שמיר.
ב-13 ביולי 1939, ביום פרסום הספר הלבן, עלה הקיבוץ על הקרקע באזור מישור החוף הדרומי. הקיבוץ הוקם כישוב 'חומה ומגדל' ובעת הקמתו היה הישוב היהודי הדרומי ביותר בארץ ישראל. בעליה על הקרקע השתתפו כ-80 מחברי הקיבוץ ולמעלה מ-200 נוטרים, אנשי ה'הגנה' ומתנדבים מישובי הדרום. בתחילה נקראה הנקודה 'בית עפה' על שם הכפר הערבי הסמוך ו'גבעת גנים' על שם גרעין המייסדים. לאחר כשנה שונה השם ל'נגבה' כסמל לשאיפה להתישבות יהודית בנגב. לאחר העליה להתיישבות החלה בנייתם של מבני משק ובתי מגורים. נבנה מגדל מים והובאה משאבה חדישה שאיפשרה הפקת מים מהבאר המקומית. התפתח משק חקלאי שכלל רפת, לול ברווזים, גן ירק וגידולי פלחה. נסללה הדרך לקיבוץ והוקמו בתי מלאכה, נגריה ומסגריה. לאחר סיום מלחמת העולם השניה הצטרף לקיבוץ גרעין של ניצולי שואה מהונגריה ומצ'כוסלובקיה.
לפני הקמת המדינה שימש הקיבוץ בסיס להכשרת נגבה של הפלמ"ח. במלחמת העצמאות התנהלו קרבות קשים בנגבה בשל מיקומה האסטרטגי על צומת דרכים מרכזי. ב-15 במאי 1948, למחרת ההכרזה על הקמת מדינת ישראל, פלש הצבא המצרי לתחומי המדינה והשתלט במהרה על משטרת עיראק סווידאן החולשת על הדרך הראשית לנגב ועל קיבוץ נגבה. בליל ה-18 במאי פונו ילדי הקיבוץ והאמהות לגבעת ברנר במסגרת 'מבצע תינוק'. למחרת החלו המצרים להתקיף את נגבה בירי צלפים, ירי מרגמות, פגזי תותחים, הפצצות מן האוויר והתקפות על הקרקע. כל המבנים בישוב נהרסו כליל, אולם המגינים שהתחפרו בבונקרים, בתעלות ובעמדות החזיקו מעמד במשך חודשים בפני התקפות חוזרות ונשנות. ב-22-16 באוקטובר 1948 במסגרת 'מבצע יואב' הצליחו כוחות צה"ל להדוף את המצרים ולפרוץ את המצור על הנגב. ב-9 בנובמבר 1948, לאחר כמה נסיונות נפל, נכבשה גם משטרת עיראק סווידאן בידי חטיבה 8 והאיום הוסר מעל הקיבוץ. במהלך הקרבות על נגבה נהרגו 43 מהמגינים, בהם 14 מחברי הקיבוץ, חיילי 'גבעתי' ומתנדבים מן האזור. עמידתם של המגינים הפכה לאחד מסמלי הגבורה של מלחמת העצמאות. שמה של משטרת עיראק סווידאן שונה ל'מצודת יואב' על שמו של מפקד נגבה יצחק דובנו ('יואב'), שנהרג בהפצצה מצרית במהלך הקרבות. כיום במצודה אתר הנצחה ומוזיאון למורשת חטיבת 'גבעתי'.
לאחר המלחמה שוקם הקיבוץ ונבנה מחדש. בנובמבר 1953 נחנכה האנדרטה למגיני נגבה מעשה ידי הפסל נתן רפפורט. בקיבוץ הוקם 'המוזיאון הפתוח' של נגבה, המספר על החיים במקום בתקופת 'חומה ומגדל' ומלחמת העצמאות. בתחומי המוזיאון מגדל המים ההיסטורי שנפגע במלחמה, טנק מצרי שנלקח שלל, אנדרטת המגינים שליד בית הקברות הצבאי, הטרקטור הראשון של הקיבוץ ושיחזור ישוב 'חומה ומגדל'. במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ חברים בודדים, גרעיני נח"ל של ילידי הארץ ושל עולים מברזיל ומצפון אפריקה.
כיום ענפי המשק המרכזיים בקיבוץ הם: חקלאות (גידולי שדה, מטעים, רפת), תיירות (אורחן נגבה, 'המוזיאון הפתוח', 'חמי יואב'), שירותים (מכבסה, מוסך, גני ילדים) ועסקים קטנים. בשנת 2004 הופרט הקיבוץ, הונהג מודל 'רשת ביטחון' והקיבוץ מוגדר כיום כ'קיבוץ מתחדש'. בשנת 2007 נקלטו 82 חברים מבני נגבה שחזרו לקיבוץ והחלה הקמתה של הרחבה קהילתית המיועדת לאנשי צבא קבע.
