הקיבוץ הוקם על ידי שתי הכשרות מגויסות של הפלמ"ח מתנועת 'הנוער העובד’: הכשרת גבת והכשרת אשדות יעקב. חברי הכשרת גבת (1948-1946) הם בוגרי בית-הספר החקלאי 'מקווה ישראל' ובנות משק הפועלות בשכונת בורוכוב. חברי ההכשרה גוייסו לפלמ"ח באוקטובר 1946 וקיבלו הכשרה בגבת. בנובמבר 1947 הצטרפו אליהם בוגרי חברת נוער עולה ה' מעין חרוד, שעלו מגרמניה, אוסטריה, ליטא ואיטליה, ועברו הכשרה בגבעת ברנר ובעין חרוד. במלחמת העצמאות שירתו חברי ההכשרה בגדוד העמק של חטיבת 'יפתח' והשתתפו בקרבות בחזיתות הצפון והמרכז.

חברי הכשרת אשדות יעקב ('עמל') הם בוגרי 'הנוער העובד' מקריית חיים ומסניף בורוכוב ובנות חוות הלימוד בפתח תקווה. חברי ההכשרה התגייסו לפלמ"ח בספטמבר 1946 וקיבלו הכשרה באשדות יעקב. במלחמת העצמאות שירתו בגדוד הגליל של חטיבת 'יפתח' והשתתפו בקרבות בחזיתות הצפון והמרכז.

באוגוסט 1948 שוחררו חברי הכשרות גבת ואשדות יעקב מהפלמ"ח מטרה שיקימו ישוב משלט בהרי נפתלי, אשר יצור רצף התיישבותי ממצודת נבי יושע למנרה ולמשגב עם. עם העליה לקרקע הצטרפה אליהם גם קבוצה של בוגרי בית הספר 'כדורי'  יוצאי הכשרת גבע של 'הנוער העובד' שהשתחררה מהפלמ"ח באוגוסט 1947. הקיבוץ הוקם ב-18 באוגוסט 1948, בהפוגה השנייה של מלחמת העצמאות, כאשר כוחות מ'צבא ההצלה' של קאוקג'י עדיין שהו בגליל העליון. המתיישבים הראשונים עלו על הקרקע באדמות בלידה, גרו באוהלים ועסקו בהתחפרות והתבצרות. בחודשיםהבאים הותקף המשלט והופגז, עד לסוף אוקטובר 1948, אז השתלט  צה"ל על האזור במסגרת 'מבצע חירם'.

עם סיום הלחימה החלו המתיישבים בעיבוד האדמות, פיתוח  ענפי המשק  ובנית מבני ציבור ומגורים. בשנת 1949 הצטרף הקיבוץ לתנועת 'הקיבוץ המאוחד'.  בשנת 1951 נקלט ביפתח גרעין 'העולה' מארצות הברית. בשנת 1953, בעקבות הפילוג בתנועת 'הקיבוץ המאוחד', התפלג גם קיבוץ יפתח. כמחצית מהחברים, אנשי 'הקיבוץ המאוחד' עברו לקיבוץ גדות. בקיבוץ יפתח, שעבר לתנועת 'איחוד הקבוצות והקיבוצים, נותרו 45 חברים בלבד. במטרה לחזק את האוכלוסייה נקלטו בקיבוץ הגרעינים 'נחשונים' ו'ניר עם'. בשנים הבאות נמשכה תנופת הבניה והתפתחות המשק. בקיבוץ נקלטו גרעיני נח"ל  של 'התנועה המאוחדת' ו'הנוער העובד והלומד', גרעינים של נוער עולה ובוגרי חברות נוער שהתחנכו בקיבוץ. בשל קרבתו לגבול לבנון מלוות את הקיבוץ בעיות ביטחון במהלך כל שנות קיומו.

כיום ענפי המשק בקיבוץ הם: תעשיה (מפעל 'נטפים' למערכות השקיה בטפטוף בשותפות עם הקיבוצים חצרים ומגל, 'מש"י' מפעל שיש יפתח), חקלאות (גידולי שדה, מטעים, כרמי ענבים, לול, בית קירור) ועסקים קטנים. בשנים האחרונות עבר הקיבוץ תהליכים של הפרטה ושינוי אורחות החיים וכיום הוא מוגדר כ'קיבוץ מתחדש'. בקיבוץ נבנתה הרחבה קהילתית.