בראשית שנות ה-20 רכש יהושע חנקין את אדמות יגור. בחורף 1920 הקים 'גדוד שומריה' של 'השומר הצעיר' את המחנה שלו באדמות אלו ושהה במקום כשנה.
בשנת 1913 הוקמה בפתח תקווה קבוצת 'אחווה'. מייסדי הקבוצה הם עולים מאנשי העליה השניה, חברי מפלגת 'פועלי ציון', אשר מטרתם היתה כיבוש העבודה באמצעות הקמת קבוצות קבלניות שחבריהן מנהלים חיי שיתוף. חברי הקבוצה ראו עצמם כארגון ארצי ושאפו לשלב את כיבוש העבודה בהתישבות ובהגנה. הם ניהלו אורח חיים שיתופי ועבדו בפרדסי פתח תקווה, במקווה ישראל, בנס ציונה, בירושלים, בחיפה, בהרי הכרמל ועוד. בתקופת מלחמת העולם הראשונה התגייסו רובם לשירות בגדוד העברי. לאחר המלחמה, השתחררו חברי הקבוצה מהצבא,
התרכזו בחיפה וביצעו עבודות באזור. במרץ 1922 ניסו חברים מהקבוצה להתיישב בנגב ליד תל ערד, אולם הנסיון נכשל.
ב-29 בדצמבר 1922 עלו שמונה חברים וחברה אחת להתישבות באדמות נחל יגור (ואדי שומריה). המשק היה ההתישבות העברית הראשונה בעמק זבולון ונקרא בתחילה 'משק יעזור'. המתיישבים נאלצו להתמודד עם קשיים גדולים. באזור היו ביצות ורבים מהם חלו בקדחת. היה מחסור במים ובקרקעות שמתאימות לחקלאות. המוסדות המיישבים סברו שלא ניתן לקיים שם ישוב גדול ולכן הגבילו את גודל המשק ל-25 משפחות. בשנת 1925 החליטו חברי הקיבוץ להצטרף לגוף גדול יותר ובחרו ב'קיבוץ עין חרוד' (לימים - 'הקיבוץ המאוחד'). הוחלט גם שהמתישבים ישלבו עבודה חקלאית במשק בעבודה בשכר בסביבה. בתחילה עסקו החברים בייבוש הביצות והסדרת ערוץ נחל הקישון וכן בעבודה בנמל חיפה ובמחצבות נשר. אחרי כן הוקמו ענפי המשק השונים והקיבוץ גדל והתפתח.
בשנת 1929 החלה להתארגן בסמוך למשק יגור פלוגת חיפה-יגור. חברי הפלוגה הגיעוו מקיבוץ הכשרה קלוסובה בפולין, שם קיבלו הכשרה בעבודה במחצבות, והתפרנסו בעיקר מעבודה במחצבת נשר. בשנת 1933, על פי החלטת מועצת 'הקיבוץ המאוחד', התאחדו משק יגור ופלוגת חיפה-יגור. ליגור נוספו בכך 40 חברים ובכך נפרצה מגבלת 25 המשפחות שנקבעה לישוב. מכאן ואילך החל קיבוץ יגור להגשים את החזון של בנית משק גדול המשלב חקלאות, מלאכה ועבודות חוץ. באותה שנה נחפרה באר ראשונה והתגלו מים רבים אשר איפשרו פיתוח נרחב של המשק החקלאי. במהלך שנות ה-30 נמשכה קליטת חברים נוספים, המשק גדל ומנה מאות חברים. בשנת 1937 הוקם במסגרת עלית הנוער בסמוך לקיבוץ בית הספר המקצועי הראשון לנוער עולה מגרמניה על שם לודוויג טיץ. בשנת 1939 נחנך חדר האוכל.
קירבת הקיבוץ לחיפה וגודלו היחסי עשו את יגור מוקד לפעילות ה'הגנה'. הפעילות היתה בחלקה גלויה ובשיתוף פעולה עם השלטון הבריטי ובחלקה מחתרתית. ביגור הוקמה יחידת נוטרים שפעלה בשיתוף עם הבריטים. הכשרות הפלמ"ח התאמנו ביגור במסווה של קבוצות נוער העוסקות בעבודה חקלאית. יגור שימשה בסיס ליציאה לפעולות תגמול נגד פורעים ערבים ולפעולות במסגרת המאבק בבריטים (ליל הגשרים, פיצוץ הראדאר בסטלה מאריס, שחרור מעפילי עתלית ועוד). חברי הקיבוץ שירתו בבריגדה, בצבא הבריטי, בחיל הנוטרים וב'הגנה'.
ב'השבת השחורה' (ה-29 ביוני 1946) הטילו כוחות צבא בריטיים מצור על יגור. חיילי הדיוויזיה המוטסת השישית ('הכלניות') פרצו לישוב בחסות שריוניות וגז מדמיע. החברים שניסו להתנגד בעזרת כלים חקלאיים, החזיקו מעמד עד שעות הצהריים. הבריטים ריכזו את כולם בחדר האוכל ולקחו את כל הגברים למעצר בלטרון וברפיח. במשך שבוע ימים בדקו החיילים הבריטים בעזרת מגלי מוקשים ובולדוזרים את כל המשק בחיפוש יסודי אחר נשק מוסתר. בסופו של דבר התגלה 'סליק' גדול של נשק של 'ההגנה', שכלל רובים, מקלעים, מרגמות ותחמושת אשר הוחרמו על ידי הבריטים.
לאחר הקמת המדינה המשיך הקיבוץ לגדול ולהתפתח. בשנות ה-50 הוקמו הסילו, מכון החליבה ובריכת השחיה. בשנת 1962 נחנך אולם התרבות 'יד למגינים'. במשך שנים היה יגור מוקד לפעילות ציבורית ובין השאר נערכו בו ועידות של תנועת 'הקיבוץ
המאוחד'.
הקיבוץ זכה להישגים בתחומי הספורט, בעיקר בכדורסל. החל משנת 1935 נקלטו
בקיבוץ חברות נוער. משנות ה-50 פועל בקיבוץ אולפן לעברית. יגור אימץ ותמך
בקיבוצים אחרים ביניהם יד חנה, מלכיה, בית אורן ומעלה צביה. קיבוץ יגור היה לשם דבר בתחום החג ומועד בקיבוצים בזכות פעלו של חבר הקיבוץ יהודה שרת (שרתוק), אשר יצר דפוסי חג מקוריים המשלבים עבר והווה והנותנים ביטוי חדש לאדם העברי העובד את אדמתו. הוא חיבר את מסכת י"א באדר ותשעה באב ועוד והיה שותף לגיבוש סדר פסח נוסח יגור.
ענפי המשק העיקריים כיום הם: תעשיה (מפעל 'לגין' ליצור ושיווק אריזות פלסטיק ומתכת, מפעל 'טובופלסט' ליצור שפופרות פלסטיק, 'מטבחי קיבוץ יגור') חקלאות (גידולי שדה, רפת, לול, כרמי זיתים, משתלה, בית בד), תיירות ונופש (פארק בא-לגן, גן אירועים, דיסקוטק, בר), תקשורת (אולפני יגור) ועסקים קטנים.
