המייסדים הם חברי הכשרת הצופים ג', שקיבלה הכשרה בדגניה א' ובאפיקים ובוגרי חברת נוער ה' של 'ילדי טהרן' שהתחנכה באפיקים. בשנת 1946 התאחדו שתי הקבוצות, אשר שירתו כהכשרות מגויסות במסגרת פלוגה ג' של הפלמ"ח. הקבוצה המאוחדת תכננה להקים פלוגת עבודה באחת המושבות ולהמתין לקבלת מקום להתיישבות. בעודם מתכוננים למעבר למושבה, נקראו חברי הקבוצה להשתתף במבצע התיישבות 11 הנקודות בנגב.

במוצאי יום הכיפורים תש"ז (6 באוקטובר 1946) יצאה קבוצת חלוץ מבסיס היציאה בבית אשל ועלתה על הקרקע באדמות קלטה. בתחילה נקראה הנקודה 'צופים ג'' או 'קלטה', כשמו הערבי של המקום. בשנה הראשונה עסקו חברי הקיבוץ בעבודות חוץ, בהן הנחת קו המים מאזור ניר עם-גברעם לחצרים. כעבור שנה הושלמה בנית קו המים והוסדרה אספקת מים סדירה לנקודה. חברי הקיבוץ החלו בנסיונות לניצול המים בחקלאות, אולם החלטת האו"ם ב-29בנובמבר 1947 על הקמת מדינה יהודית בחלק משטחי ארץ ישראל שיבשה את התוכניות. החל גל של התפרעויות מצד הערבים, קו המים נותק והקיבוץ נותר ללא אספקת מים סדירה עד סוף מלחמת העצמאות. עם זאת התבררה חשיבותה הגדולה של ההתישבות בנגב, שכן קו הגבול הדרומי של המדינה היהודית נקבע בסמוך לבאר שבע, כך שקיבוץ חצרים נכלל בתחומיה.

במלחמת העצמאות היה חצרים ישוב משלט אשר הגן על עצמו ושימש  כבסיס לכיבוש באר שבע ולשחרור הנגב. בקיבוץ נחפרו תעלות קשר, עמדות ומקלטים והחברים עסקו בשמירה. מתחילת המלחמה היה הקיבוץ מנותק ממרכז הארץ והנסיעות באזור נעשו במשוריינים. המים הובאו לקיבוץ פעם מחודש ממשמר הנגב בליווי אנשי פלמ"ח. בספטמבר 1948 הותקף הקיבוץ בירי מרגמות. עם כיבוש באר שבע באוקטובר 1948 במסגרת 'מבצע יואב' הוסר המצור מהקיבוץ.

לאחר המלחמה שוקם קו המים ולרשות הקיבוץ הועמדו קרקעות בבריר לגידול פלחה. חברי הקיבוץ הקימו לול ורפת, נטעו מטעים וגידלו ירקות ומספוא. הוקמה נגריה וחברי הקיבוץ ביצעו עבודות יעור מטעם קרן קיימת. נסלל כביש לקיבוץ, נבנו שכונות מגורים ומבני ציבור. הקיבוץ השתדל לקלוט חברים וקבוצות נוספים במטרה להרחיב את שורותיו. בשנת 1951 נקלטה השלמה של גרעין ח' של 'הצופים'.

עם התפתחות המשק התברר כי קשה לפתח חקלאות במקום בשל מליחות הקרקע, הקשיים באספקת מים, מיעוט המשקעים, שנות הבצורת ופגעי טבע נוספים. בשנת 1959 נקלע הקיבוץ למשבר קשה ('משבר המלח'), והתעוררו ספיקות בנוגע לעתידו במקום. משהתברר שבעיית המלח קיימת ברבות מקרקעות הנגב החליטו חברי הקיבוץ לנצל את הניסיון הרב שרכשו כדי לפתור את הבעיה ולהבטיח את המשך ההתישבות בנגב. בשנתיים הבאות נשטפו הקרקעות מהמלח, נבחרו שיטות עיבוד וסוגי גידולים שמתאימים למקום. בזכות המאמצים התרחב המשק החקלאי שכלל עתה גידולי שלחין (כותנה וירקות), גידולי פלחה בבריר, מטעי משמש, אפרסקים ואגסים. הלול והרפת הורחבו והוקמה משתלת פרחים. בשנת 1960 החלה תנופת בניה גדולה בחצרים של מבני ציבור ובתי מגורים, פותח הנוי ונסללו מדרכות.

התפתחות המשק גרמה למחסור בכח אדם. תנועת 'הצופים' שלחה לחצרים השלמות של בוגרי התנועה מהארץ. במקביל נוצר קשר עם 'איחוד הבונים' בארגנטינה, ובשנת 1964 החלו להגיע לחצרים חברי השלמה של התנועה. בשנת 1990 נקבע חצרים כמשק יעד לתנועת 'הבונים-דרור' מברזיל.  קבוצות מהתנועה מגיעות לחצרים במסגרת פעילותן החינוכית וחלק מבוגרי התנועה קובעים את ביתם בקיבוץ. כיום כמחצית מחברי הקיבוץ הם יוצאי דרום אמריקה.

בשנת 1965, במטרה לגוון את מקורות הפרנסה ולאור המחסור במים, הוקם מפעל 'נטפים' לייצור ושיווק מערכות השקייה בטיפטוף. המפעל, שבו שותפים הקיבוצים מגל ויפתח, הוא חלוץ שיטת השקייה זאת, שהביאה למהפכה בתחום ההשקיה בעולם כולו. כיום 'נטפים' הוא המפעל הגדול בארץ ואחד הגדולים בעולם בתחומו.

בשנים הבאות המשיך הקיבוץ להתרחב ולצמוח בכל תחומי החיים: חברה, משק, נוף הישוב ורמת החיים. כיום מונה הקיבוץ קרוב לאלף נפש. על פי החלטת חברי הקיבוץ ממשיך חצרים להתנהל במתכונת השיתופית. ענפי המשק העיקריים הם: תעשיה (מפעל 'נטפים' למוצרי השקיה וטיפטוף, מפעל 'חוחובה ישראל' למיצוי שמן החוחובה), חקלאות (מטעי חוחובה, רפת, גידולי שדה), עבודות חוץ ועסקים קטנים.