בשנת 1931 עלו לארץ חברי גרעין של 'השומר הצעיר' מטרנסילבניה שבהונגריה. הם התרכזו בתחילה בחדרה ובשנת 1933 עברו לגבעת השומר ליד כפר סבא, שם המתינו לעליה להתישבות. בגבעת השומר הצטרף אליהם גרעין נוסף של התנועה מגליציה.

ב-4 במאי 1939 עלה הקיבוץ על הקרקע בגליל העליון במפגש הגבולות של ארץ ישראל, לבנון וסוריה. הקיבוץ הוקם כישוב 'חומה ומגדל' ושני ב'מצודות אוסישקין', קבוצת ישובים שהוקמו באצבע הגליל בשנים 1943-1939 ואשר נקראו על שמו של מנחם אוסישקין יו"ר קק"ל (ה'מצודות' הנוספות: דפנה, נחלים, בית הלל ושאר ישוב).

ארבעה חודשים לאחר הקמת הקיבוץ פרצה מלחמת העולם השניה. חלק מחברי הקיבוץ התגייסו לשירות בצבא הבריטי ואחרים לפלמ"ח. במאי-יוני 1941, בעת פלישת בעלות הברית לסוריה, התרכזו בשדות הקיבוץ גדודים של חיילים אוסטרליים בדרכם לקרב. הקיבוץ היה תחת אש תותחים והילדים פונו למרחביה. בזכות מיקומו של הקיבוץ במפגש הגבולות הוא שימש עד להקמת המדינה כתחנת מעבר להעפלה היבשתית דרך סוריה ולבנון.

התקופה שבין תום מלחמת העולם השניה לפרוץ מלחמת העצמאות נוצלה להרחבת המשק ולהתבססות כלכלית. בינואר 1948 הותקף הקיבוץ לראשונה על ידי הסורים, ומאז ועד שביתת הנשק היה בקו החזית. חברי הקיבוץ עברו לחיות במקלטים ובתעלות קשר, הנשים והילדים פונו לחיפה. המגינים סבלו מהפגזות, צליפות, פגיעות בתחבורה, ניתוק ומחסור באספקה חיונית. בהפוגות שבין ההפגזות נעשו פעולות הכרחיות במשק החי. נסיונות מצד הסורים לכבוש את הקיבוץ נהדפו בידי המגינים.

בשנים שלאחר המלחמה נמשכו תקריות גבול עם כוחות הצבא הסורי. התושבים סבלו במשך שנים מהטמנת מוקשים, ירי צלפים ונסיונות חטיפה. היציאה לעבודה בשטחים החקלאיים היתה מסוכנת. ב-13 בנובמבר 1964 הופגז הקיבוץ במשך שעות על ידי הסורים. למרות בעיות הביטחון היו שנים אלה תקופה של  צמיחה והתפתחות עבור הקיבוץ. נקלטו חברות נוער וקבוצת השלמה של ניצולי שואה, יוצאי התנועה מאירופה. נוסד בית אוסישקין, מוזיאון לטבע וסביבה של אצבע הגליל. בחיפוש אחר מקורות פרנסה נוספים הוקם מפעל 'דן פל' ליצור פרופילים פלסטיים לתעשיה ולבנין. 

במלחמת ששת הימים, ב-5 ביוני 1967, ניסו כוחות רגלים ושריון סוריים לכבוש את הקיבוץ. המגינים המעטים, חברי הקיבוץ המצויידים בנשק דל ומיושן, הצליחו להדוף את המתקפה. לאחר המלחמה החלה בקיבוץ תנופת פיתוח גדולה. נבנו הבריכות הראשונות לגידול דגי פורל, ובשנים הבאות הפך המדגה לענף מרכזי בכלכלת הקיבוץ. נפתח מזנון לשירות המוני המטיילים שהחלו להגיע לאזור. החלו חפירות ארכיאולוגיות בתל דן הסמוך, אתר שהפך מוקד משיכה למטיילים רבים. המפעל התעשיתי הורחב ונוספו לו אגפים: 'דן ממטירים' ליצור ממטירים ו'דנפלון' ליצור פרופילים שקופים מפוליקרבונט. משבצת הקרקע של הקיבוץ הוגדלה ל-4,500 דונם. וכן נקלטה בקיבוץ קבוצת השלמה נוספת של התנועה.

מאז מלחמת ששת הימים שורר שקט בגבול עם סוריה. עם זאת, בתקופות של מתיחות בטחונית בגבול לבנון ספג הקיבוץ ירי רקטות (בתקופת מבצע 'שלום הגליל, מבצע 'דין וחשבון', מבצע 'ענבי זעם', מלחמת לבנון השניה ועוד).  החל משנות ה-90 נקלטו בקיבוץ עולים מחבר העמים במסגרת מיזם 'בית ראשון במולדת' של התנועה הקיבוצית. בקיבוץ מתחנכות קבוצות נערים עולים במסגרת פריקט נעל"ה (נוער עולה לפני הוריהם).

חברי הקיבוץ מתפרנסים מתעשיה ('מפעלי 'דן תעשיות': 'נען-דן' לממטירים ואביזרי השקיה; 'דן פל' ללוחות קרבונט לזיגוג ו'דן טק פלסט' לפרופילים מפי.וי.סי.), חקלאות ('דגי הדן', גדולי שדה, מטעי תפוחים ואבוקדו, מכוורת), תיירות, שירותים (מוסך, דיור מוגן).