המייסדים הם קבוצת 'עבודה' שהתארגנה בשנת 1914 בפתח תקווה ובראשון לציון. חברי הקבוצה, שהגיעו ארצה בעלייה השנייה, קיבלו הכשרתם במושבות יהודה ובכפר אוריה. חברי דגניה א' ששאפו ליישב את העמק ב'דגניות' נוספות הזמינו את חברי קבוצת 'עבודה' להתיישב לידם והקצו להם אלף דונם מאדמתם. ב-21 בספטמבר 1920 עלו חברי הקבוצה על הקרקע והקימו את דגניה ב', מראשוני היישובים שהוקמו לאחר מלחמת העולם הראשונה. לאחר מכן הצטרפה אליהם קבוצה מעולי עלייה שלישית מבוברויסק. בשנת 1934 הצטרפה קבוצת 'גורדוניה ג' מרחובות. בשנת 1935 נקלטה חברת הנוער העולה הראשונה מגרמניה. בהמשך נקלטו קבוצה מ'הנוער העובד' וכן חלוצים מארצות הברית ומגרמניה.

בשנים 1939-1936 שימש הקיבוץ בסיס יציאה להקמת ישובי 'חומה ומגדל' מסדה ושער הגולן. לפני הקמת המדינה היה במקום בסיס של יחידות פו"ש ופלמ"ח.

במלחמת העצמאות, ב'קרב על הדגניות' שהתנהל ב-20-18 במאי 1948, הצליחו מגיני דגניה א' ודגניה ב' לבלום את הצבא הסורי שפלש לעמק הירדן. הכוחות הסורים התפצלו ותקפו בשני ראשים ממשטרת צמח את דגניה א' ואת דגניה ב'. טנקים סורים וכוחות חיל רגלים התקרבו לגדרות שני הקיבוצים ונהדפו משם לאחר קרבות קשים. להצלחת המגינים תרמה במידה רבה הפעלתם של חמישה תותחי 65 מ"מ ('נפוליונצ'יקים') אשר הגיעו באותם ימים לארץ ונשלחו להגנת עמק הירדן. תותחים אלה הופעלו לראשונה בקרב על הדגניות, הפתיעו את הסורים, הבהילו אותם וגרמו אף הם לנסיגתם.

קיבוץ דגניה ב' לא עבר תהליכים משמעותיים של הפרטה והוא ממשיך להתנהל כיום על פי הדגם השיתופי. חברי הקיבוץ מתפרנסים מחקלאות (רפת, תמרים, גדולי שדה, אבוקדו ובננות), תעשיה (המפעלים 'דגניה סיליקון' ו'מרססי דגניה'), תיירות (ארוח כפרי), עסקים קטנים ועבודות חוץ. בסמוך לקיבוץ נבנתה שכונת הרחבה קהילתית.