המצפה הראשון מבין שלושת המצפים בנגב. האחרים - רביבים ובית אשל. מטרת הקמת המצפים הייתה: שמירה על קרקעות שנרכשו וחקר תנאי הקרקע והאקלים לקראת פיתוח חקלאות והקמת ישובים בעתיד. המצפים הוקמו גם כמבחן פוליטי ליחסם של הבריטים להתיישבות בנגב.

המצפה הוקם ב-12 במאי 1943 על אדמות אבו-זבורה שנרכשו על ידי הקק"ל. המתיישבים הראשונים היו חברי גרעין 'קיבוץ ארצישראלי ג'' של 'השומר הצעיר', ששהו קודם בראשון לציון. בשנת 1946 הועבר הגרעין לאזור אשדוד והקים את קיבוץ חצור. תקופה קצרה ישבו במצפה אנשי 'גדוד ניר' שהקימו אחרי כן את קיבוץ נירים במסגרת התיישבות 11 הנקודות בנגב. אחריהם החזיקו במקום מספר שבועות אנשי הגרעין שהקים בהמשך את יחיעם. ב-15 בנובמבר 1946 נמסר המצפה לידיו של גרעין 'אלמגור' של 'השומר הצעיר' ובמקום התיישבה קבוצה ראשונה שמנתה עשרה מחברי הגרעין. הגרעין הורכב מבוגרי שלוש חברות נוער, אחת מרומניה ושתיים מתורכיה, אשר עלו ארצה בשנת 1943, קיבלו הכשרה בעין שמר, במעברות ובעין החורש ושהו בפתח תקווה.

אחת הבעיות המרכזיות היתה המחסור במים. במרכז החצר נחפרה באר, אך המים היו מלוחים. בתקופה הראשונה הובאו מים מן הכפר הבדואי רואייבה. אחרי כן נעשה ניסיון לאגירת מי גשמים במצפה. המים שימשו לשתייה ובחלקם, בתוספת מי ביוב, שימשו להשקיית המטע הניסיוני שהורכב ממינים שונים של עצי פרי. אחת לכמה ימים הובאו מים במשאית מיד מרדכי דרך עזה, חאן יונס ורפיח. בשנת 1947 הניחה מקורות את צינור המים הראשון לנגב מאתר השאיבה בניר עם. מסביב למצפה הוקמו חלקות עבור גידולי הניסיון: זני דגן שונים, גן ירק, מטע עצי פרי, מטע עצי מחט, מטע אגבות ומקשת אבטיחים. בשל קשיי התחבורה וההובלה למקום, נבנו מבני הקבע מחומר מקומי, 'אדובה' (לבני בוץ מאדמת הלס המקומית), כשבית הביטחון נבנה מבלוקים שהגיעו ממרכז הארץ.

מצפה גבולות שימש בסיס יציאה למבצע התיישבות 11 הנקודות בנגב במוצאי כיפור 1946. במלחמת העצמאות שכנה במצפה מפקדת הגדוד השמיני והתשיעי של חטיבת 'הנגב' של הפלמ"ח. במקום הוקמה מאפייה אשר סיפקה לחם ליישובי הנגב הנצור, ונחפר בית חולים שדה תת קרקעי.

בשנת 1949 הועתק היישוב למקומו הנוכחי, כקילומטר צפונית מזרחית למצפה. במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ גרעינים וחברות נוער מהארץ ומחו"ל. על בסיס הניסיון המצטבר שנרכש במקום, פיתחו המתיישבים משק חקלאי מבוסס ומתקדם. כיום מתפרנסים חברי הקיבוץ מחקלאות (גידולי שדה ורפת), תעשיה (המפעל 'פולימר גבולות') ותיירות ('אורחן המצפה', שירותי הסעדה, מצפה גבולות ומרכז הסמינרים 'נוער נגב').

במקום 'מצפה גבולות', מרכז חינוכי להמחשת ראשית ההתיישבות בנגב.