הקיבוץ הוקם על ידי חברי שלוש הכשרות של הפלמ"ח שהתאחדו : הכשרת 'יציבים' (כנרת-איילת השחר), הכשרת 'שלהבת' (אפיקים), והכשרת בני חורין (עין חרוד). כל ההכשרות השתייכו לתנועת 'הנוער העובד'.
חברי הכשרת יציבים (כנרת - איילת השחר) היו בוגרי חברת נוער עולה ה' שעלו מתורכיה בשנת 1945 והתחנכו בכנרת. חברי הקבוצה קיבלו הכשרה בכנרת ובאיילת-השחר ושירתו בפלמ"ח ובצה"ל ממאי 1947 עד אפריל 1949. במלחמת העצמאות שירתו בגדוד 'הגליל' של חטיבת 'יפתח' ובגדוד ירושלים של חטיבת 'הראל' והשתתפו בקרבות בצפון ובירושלים.
חברי הכשרת שלהבת (אפיקים) היו בוגרי חברות נוער עולה מיוון, מתורכיה וממרכז אירופה, שהתחנכו בכפר גלעדי ובאיילת השחר, ובנות ממשק הפועלות בשכונת בורוכוב. חברי הקבוצה הוכשרו בכפר גלעדי ובאפיקים ושירתו בפלמ"ח ובצה"ל מנובמבר 1947 עד מרץ 1949. במלחמת העצמאות שירתו בגדוד 'הגליל' של חטיבת 'יפתח' בקרבות בצפון, במרכז ובדרום.
חברי הכשרת 'בני חורין' (עין חרוד - 1948) היו בוגרי חברת נוער עולה ה', יוצאי תנועת 'דרור' מרומניה, הונגריה ופולין, שעלו בשנת 1946 והתחנכו בעין חרוד. חברי הקבוצה הוכשרו בעין חרוד וכנרת ושירתו בפלמ"ח ובצה"ל ממאי 1948 עד אפריל 1949. במלחמת העצמאות שירתו בגדוד ירושלים של חטיבת 'הראל' והשתתפו בקרבות בגזרת ירושלים.
שלושת ההכשרות השתחררו מצה"ל, התאחדו והתארגנו בכנרת. ב-23 במאי 1949 הגיעו עשרה חברים ראשונים לכפר הערבי הנטוש בית ג'וברין והכשירו כמה בתים למגורים. ב-2 ביוני 1949 נערך טקס העליה על הקרקע של קיבוץ בית גוברין. המתיישבים סבלו מקשיים רבים, כלכליים, חברתיים ובטחוניים והיתה תחלופה גדולה של חברים. בשנת 1951 הצטרפה קבוצה של בוגרי חברת נוער מבארי, שחבריה בוגרי תנועת 'דרור' מרומניה ובוגרי 'הנוער העובד' מהארץ. באותה שנה הצטרף גרעין 'בתלם' של בוגרי תנועת 'דרור' מצפון אפריקה. בשנת 1955 הצטרף גרעין 'נתיב שדה' של 'הנוער העובד'. במהלך השנים הגיעו לסייע לקבוץ משפחות ובודדים מתנועת 'הקיבוץ המאוחד' ומקיבוץ גבעת ברנר ש'אימץ' את בית גוברין. בשנות ה-60 התיישבו במקום גרעינים נוספים מתנועת 'הנוער העובד'. חלק מחברי הגרעינים נשארו כחברים ובהדרגה גדל הישוב, מצבו השתפר והוא עלה על פסים של יציבות וצמיחה.
הקיבוץ נקרא על שם יישוב יהודי מתקופת בית שני, ששמו נשמר בשם הכפר הערבי בית ג'וברין, ששכן במקום עד מלחמת העצמאות.
