המייסדים הם חברי 'הפלוגה', קבוצה של בני משקים מתנועת 'הקיבוץ המאוחד', שהתיישבו בשנת 1955 על שפת ים סוף במשטרת אום-רשרש הנטושה במצוות בן גוריון לסייע לעיר אילת. אנשי הפלוגה, שביקשו לבדוק אפשרויות פרנסה לעתיד, עבדו באילת במכבסה, במסגריה, בדיג, בנטיעת מטע תמרים ובעיבוד אדמות המלחה הסמוכות לעיר. בסוף נובמבר 1962 הוקם היישוב במקום הקבע שלו על גבעה מצפון לאילת. במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ גרעינים מתנועות 'הנוער העובד' ו'המחנות העולים', גרעינים של בני משקים ומשפחות צעירות מהעיר ומקיבוצים אחרים.

הקיבוץ נקרא על שם העיר המקראית אילות: 'בעציון גבר אשר את אילות על שפת ים סוף' (מלכים א' ט' כ"ו).