ערש לידתו של המכון נמצא בחזונו של אריה בן גוריון, חבר קיבוץ בית השיטה, לתעד ולהטמיע את התרבות העברית-חלוצית שנוצרה בקיבוצים. אריה בן-גוריון שעבד בקיבוץ כמורה וכמחנך יחס חשיבות רבה למסורת ולתרבות היהודית וביקש לצקת בהם תכנים חדשים. בשנות ה-40 החל אריה בן-גוריון לאסוף בחדר קטן בקיבוץ כל מידע הקשור לקבלת השבת, לעיצובם של חגים, למנהגים הקשורים למעגל החיים ועוד. מקור חשוב למידע היו מסורות ומנהגים שהתגבשו בקיבוצים הוותיקים יותר של עולי העליה השלישית. מקור נוסף היו חברי הקיבוצים הדתיים בעמק בית שאן.
עם השנים הפך החדרון לארכיון מפואר וגדוש המספר את סיפור יצירתה והתמודדותה של התנועה הקיבוצית עם מקורות ישראל ולוח השנה העברי. בשנת 1967 נבנה בסמוך לחדרו של אריה בן-גוריון צריף אסבסט שנועד לאכסן את הארכיון. בשנת 1969 אושר הארכיון על ידי ברית התנועה הקיבוצית, בהמלצת שלוש מחלקות התרבות של התנועה. הארכיון המשיך לגדול והצריף התרחב בהדרגה למבנה בן שלושה חדרים בשטח 75
מ"ר. במהלך כ-60 שנות פעילותו של בן-גוריון הפך הארכיון למרכז של התנועה
הקיבוצית בנושא מועדי ישראל בפרט
והחינוך היהודי-ציוני בכלל. הארכיון סיפק חומר לוועדת החגים הבינקיבוצית אשר הוציאה לאור את ילקוטי החגים השונים וערכה ימי עיון לקראת המועדים. הארכיון עמד לרשותם של פעילי תרבות וחג, מדריכים ומורים, חוקרים וסטודנטים, עורכי תכניות לימודיות ואנשי משרד החינוך, אנשי רוח בתנועה הרפורמית והקונסרבטיבית, עורכי תכניות רדיו וטלוויזיה עוד.
בשנת 1995 עבר ארכיון החגים מהצריף אל בניין-קבע בבית השיטה. כעבור שנה נחנך הארכיון המחודש ובו מאות תיקים
וספרים, עליהם שקד אריה בן-גוריון במשך עשרות שנים. שמו של הארכיון הוסב ל'מכון שיטים',
ובהנהגתו של בנימין יוגב (בוג'ה) סומנה הפעולה החינוכית כליבתו של
המכון. מאז ועד היום, נושא המכון את בשורת התחדשות פניה הן של התרבות היהודית והן של החברה הישראלית. מנהל המכון כיום הוא אבי זעירא.
מכון שיטים רואה את יעודו ביצירת שיח יהודי תרבותי משמעותי סביב חגים ומועדים
ומעגל החיים היהודי בחברה הישראלית. המטרה היא לחזק את החברה הישראלית על בסיס הערכים החברתייים-הומניסטיים תוך הדגשת הקשרים אל המורשת היהודית וארץ ישראל באמצעות פעולה חינוכית ותרבותית, מהיחיד דרך משפחתו וקהילתו. הפעילות מתבססת על המורשת, הזיכרון
והתרבות היהודיים לצד מאה שנות מרד ציוני - חלוצי - קיבוצי בארץ ישראל.
מכון שיטים נוצר והתפתח בקיבוץ בית השיטה ומתוך התנועה הקיבוצית וקשור
לעמק יזרעאל כסמל למעשה ההתיישבות החלוצית בישראל.
בשנת 2006 חבר המכון לתנועת 'המחנות העולים' והרחיב את פעולתו החינוכית בתחומי המחשבה הציונית - החלוצית, תיקון החברה והיחיד ומורשת העמק.
המכון מקיים מגוון רחב של פעילויות בקרב קהלים שונים:
- קהילות - הדרכת מבוגרים בתחומי התרבות והחברה, הכשרת מנחי טקסים בקהילה, הפעלת ילדים ונוער, שילוב עולים חדשים בקהילה, עריכת קבלות שבת, סדרי ט"ו בשבט ועוד.
- בתי ספר - השתלמויות מורים בנושאים שונים.
- סמינרים לתלמידים בתחומי התרבות היהודית, הציונות, החלוציות והחברה.
- תיירות ערכית - אירוח והדרכת קבוצות ומשפחות באזור העמק והגליל התחתון בטיולים בעלי ערך מוסף.
- תנועות נוער - הכשרת צוותי ההנהגות, צוותי ההדרכה והחניכים בתחומי החג, הזהות היהודית והציונית, חלוציות והתיישבות.
- הכשרת שליחים בחו"ל - הענקת כלים להתמודדות עם לוח השנה העברי בקהילות ישראל בתפוצות וליווי השליחים בקהילה, גיבוש השקפת עולם יהודית-ציונית המסתמכת על תפיסת 'היהדות כתרבות'.
- מכינות קדם צבאיות ומדרשות למנהיגות - כנסים בנושאי החלוציות, גלגולי החג, הציונות והקיבוץ, ליווי פעולות התרבות לאורך השנה, סיורים מיוחדים בעקבות חלוצים.
- הרצאות - של חברי הצוות, במגוון נושאים ובכל רחבי הארץ.
