מייסדי הקיבוץ הם קבוצה מבוגרי תנועת 'גורדוניה' ברומניה. בשנת 1929 עלו ראשוני החברים לארץ ישראל. בתחילה הם גרו בסמוך לנהלל ואחרי כן עברו לגבעת בוסל בחדרה. בחדרה הצטרפו לקבוצה חברים נוספים מהתנועה ברומניה וכן גם קבוצת 'מסדה', שחבריה קיבלו הכשרה בדגניה א' ובמנחמיה. הקבוצות התאחדו לקבוצה אחת שאימצה את השם 'מסדה'. חברי הקבוצה התפרנסו מעבודה בבנין, סלילת כבישים, פרדסנות, סבלות, משק בית, חקלאות ועוד. לאחר שבע שנים בחדרה התקבל האישור לעליה על הקרקע.
ב-21 במרץ 1937 עלו חברי קבוצת מסדה על הקרקע בעמק הירדן ובסיוע מתנדבים מישובי האזור הקימו ישוב במתכונת 'חומה ומגדל'.. באותו יום הוקם בסמוך קיבוץ שער הגולן. במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ חברי גרעינים מפולין, צ'כיה, רומניה ושוויץ, אשר קיבלו הכשרה בקיבוץ; גרעיני נח"ל של 'הנוער העובד והלומד' וכן מצטרפים בודדים.
במלחמת העצמאות, ב-15 במאי 1948 פלש הצבא הסורי לעמק הירדן ותקף את הקיבוצים מסדה ושער הגולן. לאחר יומיים של הפגזות קשות נותרו בידי המגינים מעט נשק ותחמושת בלבד. ב-18 במאי התפנו המגינים לאפיקים ולבית זרע. הקיבוצים מסדה ושער הגולן נכבשו בידי הסורים ונהרסו כליל. כעבור שלושה ימים שוחררו הקיבוצים ולאחר המלחמה הם נבנו מחדש. עד מלחמת ששת הימים היו מאבקים באזור על שאיבת המים מהירמוך. במלחמת ההתשה סבל הקיבוץ מפיגועים ומהפגזות.
חברי הקיבוץ עוסקים כיום בענפים הבאים: חקלאות (מטעים, גידולי שדה, לול, רפת, חממות), תעשיה (מפעל קומפוסט), תיירות (אירוח כפרי), שירותים (מוסך, הובלה, 'קניונית מיטב מסדה') ועסקים קטנים. בשנים האחרונות עבר הקיבוץ תהליכים של הפרטה ושינוי אורחות החיים. כיום מוגדר מסדה כ'קיבוץ מתחדש' ומופעל בו מודל רשת בטחון.
